Правительство Белгородской области заявило, что Рустэм Зайнуллин отстранён от поста заместителя губернатора из‑за утраты доверия Администрация Белгородской области проинформировала Интрафакс, что Рустэм Зайнуллин снят с должности заместителя губернатора в результате утраты доверия.

В июне 2025 года против него было возбуждено дело о совершении мошенничества, организованного группой, в особо крупном размере. Согласно сведениям Генеральной прокуратуры, Зайнуллин получал недобросовестные доходы при реализации государственных контрактов на возведение фортификационных построек в регионе. Ущерб оценивался в 32 млн рублей. В апреле обвинение в мошенничестве заменили на статью о особо крупной растрате и получении взятки в особо крупном размере.

С 2021 года Рустэм Зайнуллин работал советником губернатора, после чего был назначен вице‑губернатором. Он руководил департаментом имущественных и земельных отношений.